Pada tahun 1982, Desa Karya Sari resmi terbentuk sebagai hasil pemekaran dari Desa Sawa. Pada awal berdirinya, Desa Karya Sari dipimpin oleh Muhammad Daeng Juma. Menjelang dua tahun masa kepemimpinannya, nama desa ini disepakati untuk diubah menjadi Desa Pudonggala.

Sejak berdiri hingga saat ini, Desa Pudonggala telah dilayani oleh beberapa kepala desa/penjabat desa, yaitu:

Muhammad Daeng Juma (1982–1995)

Daeng Matawang (1995–2002)

Yunus (2002–2014)

Surianto (2014–sekarang(2026))

Seiring dengan perkembangan wilayah dan dinamika penduduk, Desa Pudonggala mengalami pemekaran wilayah menjadi dua desa baru, yakni:

Desa Matanggonawe, yang dimekarkan pada tahun 1997.

Desa Panggulawu, yang dimekarkan pada tahun 2016.